ChIP-seq

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解碼蛋白與DNA結合的奧秘

ChIP-seq采用特異性抗體對目的蛋白進行免疫沉淀后,
分離與其結合的基因組DNA片段,并通過高通量測序,
在全基因組范圍內尋找目的蛋白特異結合的DNA位點,
且可基于多個樣品進行差異比較分析及特異蛋白結合位點的序列偏好性分析。

平臺優,周期短,性價比高。

用于在全基因組范圍內研究蛋白特異結合的DNA片段,
組蛋白修飾和表觀遺傳修飾的技術,研究這三個主題有助于洞悉蛋白
對基因表達的調控以及染色體的功能結構。
具有“覆蓋全,周期快,分析科學”的優勢,
已廣泛應用于人、小鼠、酵母、水稻、擬南芥等物種的研究。

科學方案設計

從材料選取,建庫測序,到數據分析,
每一步都需要科學、縝密的設計,以保障高質量研究成果。

信息分析

諾禾致源ChIP-seq測序項目,通過對IP下來的合格DNA樣本,建庫測
序,獲得高質量reads,根據SCC曲線判斷IP效果,通過motif分析判斷
IP的特異性以及分析的可信性,高效預測相關基因,進行功能富集分析、
預測特異蛋白的功能,組蛋白染色體結合圖譜以及DNA的表觀修飾。

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分析內容 解決問題
測序數據質量評估 過濾掉低質量數據,保證數據質量
與參考基因組比對 scc分析,判斷IP效果
peak峰calling 分析蛋白結合位點
motif分析 蛋白結合序列的偏好性
peak峰相關基因注釋 尋找蛋白潛在調控基因
差異peak分析 分析不同樣本間差異peak峰
相關基因功能分析 相關基因GO, KEGG富集分析

悅讀高質量測序數據,盡享HPC澎湃動力

ChIP-seq采用先進的HiSeq 2500測序平臺,快速、高效地讀取高質量的測序數據。
諾禾致源高性能計算平臺(High Performance Computing,HPC)采用DELL計算節點和Isilon存儲的高效組合,
實現快速穩定的測序數據分析及交付。隨著公司業務的發展,高性能計算平臺將會持續更新并擴容,
以保證高效的數據處理和安全的數據存儲。

出色完成每一個項目環節

至2015年12月,諾禾致源項目涉及人、哺乳動物((豬、小鼠、大鼠)、斑馬魚、
植物(水稻,擬南芥)、真核微生物(酵母,四膜蟲)等30多種有參物種,
樣本數高達351個,助力客戶發表多篇高水平文章。
“科學的方案設計,嚴格的質控管理,專業的分析團隊,豐富的項目經驗,優質的項目服務”,
確保每一個環節都能出色完成,助力科學研究。

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